În mai 1622 Dieta Transilvaniei întrunita la Cluj a aprobat planul principelui Bethlen Gábor privind înfiintarea unei institutii de învatamânt superior. Nobilimea dorea înfiintarea acesteia la Cluj. Vointa principelui însa a fost hotarâtoare, astfel institutia care urma sa poarte numele de Academicum Collegium seu Gymnasium Illustre a fost înfiintata la Alba Iulia. Scopul principelui a fost de a transforma Alba Iulia într-un ” Heidelberg al Estului “.
Dorind sa asigure un învatamânt de înalta calitate, principele a invitat profesori de la universitatile din vestul Europei.
În 1658 Colegiul a fost distrus în urma invaziei turco – tatare, dupa care s-a refugiat la Cluj.
În 1662 peincipele Apafi Mihály printr-o ordonanta muta sediul Colegiului din Alba Iulia la Aiud în centrul domeniilor donate de catre principele fondator.
În 1704 Aiudul si Colegiul au fost devastate de ostile austriece.