În anul 1862 profesorul P. Szathmary Károly a pus bazele unei colecții propriu – zise de antichități, ce însuma peste o sută de obiecte din piatră si bronz denumite “antichități indigene si romane”. Până la finele secolului al XIX-lea colecția a fost îmbogățită substanțial grație strădaniilor custodelui acesteia, Herepei Karol (1881 – 1896). Un colaborator al acestuia a fost tânărul aiudean Fenichel Samuel, care va deveni pentru câțiva ani unul dintre subalternii arheologului Grigore Tocilescu, la Muzeul de Antichități din București, apoi fiind primul transilvănean care a ajuns în Noua Guinee, unde a cercetat si colecționat obiecte privind etnografia si arta papuașilor (1891 – 1893); circa patruzeci de obiecte au ajuns în colecția muzeului aiudean. Colecția numismatică în anul 1914 însuma 3621 monede si medalii, iar la sfârșitul anului școlar 1917/1918, potrivit Buletinului Colegiului, existau 9057 obiecte “antice” si 836 istorice, iar colecția etnografică avea 1424 piese.
Muzeul de Istorie aiudean se constituie ca instituție culturală de sine stătătoare în anul 1950. În noua formă organizatorică, printre cei care au contribuit la îmbogățirea patrimoniului cultural, se impune a fi amintiți: dr. Valeriu Lazăr , prof. Lidia Chițu , prof. Matilda Takacs. Au fost efectuate săpături arheologice la villa rustica de la Aiudul de Sus, la Ciumbrud, Cicău, Cheile Vălișoarei si Lopadea Veche, în colaborare cu Institutul de arheologie din Cluj – Napoca, Muzeul de Istorie a Transilvaniei si alți colaboratori, realizându-se atât îmbogățirea patrimoniului muzeal cât si cercetarea istorico – arheologică a zonei. Astfel patrimoniul s-a îmbogățit cu vestigii descoperite în Aiud si regiunea din preajmă. În prezent întregul patrimoniu al muzeului se ridică la peste 30.000 obiecte muzeale, din care circa 2/3 tin de domeniul arheologiei.
Muzeul de Istorie este amplasat încă din 1950 în Palatul Princiar, parte componentă a complexului de arhitectură medievală biserică fortificată, numită si Cetatea Aiudului. Edificiul păstrează în memoria zidurilor sale de piatră si cărămidă amintirile unor însemnate evenimente din istoria medievală si modernă a Aiudului si împrejurimilor sale.
Patrimoniul muzeului cuprinde piese ce reconstituie istoria Aiudului si a împrejurimilor sale de la sfârșitul paleoliticului si până în perioada modernă și contemporană.
Dintre artefactele preistorice, pot fi evidențiate vestigii aparținând unor culturi neolitice (Turdaș, Petrești, Decea Mureșului), din bronzul timpuriu (Coțofeni, inclusiv material din tumuli) si fazele evoluate ale epocii bronzului (Sighișoara – Wietenberg si Noua), din depozitele de bronzuri de la începutul epocii fierului (de excepție fiind depozitul de la Aiud), din cimitirele de factură scitică si celtică de la Aiud si zonă, din așezări si locuințe dacice.