An de an muzeul, care a funcţionat pe lângă colegiul Bethlen, s-a îmbogăţit cu diverse obiecte de mineralogie, paleontologie, botanică, numismatică, etnografie, sculpturi antice, rarităţi, prin colectări, cumpărări şi donaţii, înregistrându-se astfel o creştere continuă a patrimoniului muzeal. O muncă perseverentă şi competentă în funcţionarea muzeului au depus mulţi profesori şi elevi ai colegiului. Amintim astfel contribuţia adusă de profesorul Herepei Karoly, în domeniul mineralogiei şi paleontologiei, profesorul Elekes Karoly care a ajutat la organizarea herbarului şi inventarierea pieselor de muzeu. După 1848, când muzeul a suferit mari pierderi, colecţiile fiind devastate în noiembrie 1848 cu ocazia ocupării oraşului de către trupele habsburgice, profesorul Zeyk Miklos a depus o muncă susţinută pentru reorganizarea colectiilor, îndeosebi în domeniul ornitologiei, iar profesorul Szilady Zoltan în domeniul entomologiei.
Desi atinsese proportiile unui muzeu stiintific, Muzeul de Ştiinţele Naturii din Aiud a rămas multă vreme un simplu muzeu scolar, vizitat îndeosebi de elevi şi părinţii acestora cu ocazia deschiderii şi închiderii anilor şcolari.
În a doua jumătate a sec. XIX muzeul este reorganizat treptat, ajungând să se impună în viaţa culturală a oraşului, fapt consemnat în presa locală de la acea vreme, care relata următoarele: „ …şcoala are o minunată colecţie numismatică, o colecţie de ştiinţele naturii”, la îmbogăţirea cărora contribuie mulţi cetăţeni din Aiud şi din împrejurimi.
Anul 1951 a constituit o cotitură în dezvoltarea muzeului, deoarece de la această dată s-au reorganizat colecţiile muzeale şi au fost transformate în expoziţii cu scop educativ. Începând cu aceasta dată, a avut loc divizarea colecţiilor, fiind constituite astfel cele două muzee din localitate: Muzeul de Ştiinţele Naturii şi Muzeul de Istorie. Muzeul a devenit astfel o instituţie de sine stătătoare, o instituţie ştiinţifică ce îndeplineşte trei funcţii distincte şi anume: funcţia de cercetare, de conservare – păstrare a patrimoniului şi cea educaţională.
În prezent patrimoniul Muzeului de Ştiinţele Naturii este alcătuit din aproximativ 28 000 de piese muzeale din diverse domenii ale naturii, repartizate pe baza criteriilor ştiinţifice în următoarele colecţii: Colecţia de roci şi minerale, colecţia de paleontologie, colecţia de plante presate (Herbarul), colecţia de zoologie – preparate umede şi uscate, animale împăiate.
Colecţia de roci şi minerale
Cuprinde eşantioane provenite atât din România cât şi din alte ţări, exponatele fiind clasificate pe diferite grupe de compuşi chimici; în expoziţia permanentă predomină eşantioane din ţară şi în special din judeţul Alba. Judeţul Alba este recunoscut ca fiind o zonă cu importante resurse geologice. Acest lucru se remarcă prin zăcămintele şi depozitele existente în diferite localităţi ale judeţului. Aceste resurse geologice au determinat înfiinţarea de rezervaţii geolgice şi geo-morfologice: Detunata Goală, Calcarele de la Ampoiţa, Râpa Roşie de la Sebeş. Pot fi observate eşantioane de cuarţ, opal, gips, jasp din zone învecinate cu municipiul Aiud, sare de la Ocna Mureş, aur, pirită, marcasită, cuarţ, din zona Abrud – Roşia Montană, marmură, gresie, granit, bazalt, calcar, etc.
De asemenea se pot vedea fragmente din meteoritul căzut la Mociu (Cluj), în anul 1882. Aceste eşantioane sunt extrem de preţioase si readuc în amintire impresiile celor ce au fost martorii acestei căderi: Profesorul universitar Ion Al. Maxim, scria despre spectaculosul fenomen: „era în după-amiaza zilei de 3 februarie 1882, în jurul orei patru, când mulţi din locuitorii satelor Coasta, Barei, Viea, Moci au văzut venind dinspre Dealul Botei (NV) un glob, cercul de jar se opri deasupra satelor; apoi din ghemul de foc de culori vii au tâşnit scîntei, s-au auzit pocnete grozave, apoi un răpăit ca de grindină sau ca bătăile de armă, cu vuiete ascuţite, şuierături care i-au pironit pe toţi; îndată o ploaie de pietre a lovit crengile copacilor şi a căzut pe albul zăpezii”. Fragmentele acestui meteorit se găsesc astăzi şi în alte muzee din diferite ţări ale lumii.
Colecţia de paleontologie
Piesele colecţiei de paleontologie, multe din Transilvania, dar şi din alte zone ale ţării sau ale lumii, sunt dispuse în ordine cronologică. Ele atestă prezenţa mai multor forme de clima şi relief care s-au succedat de-a lungul diferitelor epoci geologice pe aceste meleaguri.
Pot fi admirate asfel, fosile ale următoarelor grupe de animale nevertebrate: foraminifere, graptolite, corali, anelide, echinoderme, cefalopode (Nautilus, amoniţi, belemnite, gasteropode, brachiopode, bivalve), trilobiţi, insecte dar şi fosile ale unor animale vertebrate: peşti primitivi, defense (fildeşi) şi măsele de mamut (Mammuthus primigenius), coarne de cerb gigantic (Megaloceros), oase şi dinţi de rinocer lânos (Coelodonta antiquitatis), un craniu de marmotă fosilă (Marmota bobac), cai primitivi, etc. O fosilă extrem de importantă este o tibie de dinozaur sauropod care a fost descoperită în a doua jumătate a secolului XIX, lângă Alba Iulia. Aceasta fosila a fost recent studiată şi reevaluată de profesorul paleontolog Vlad Codrea de la Universitatea din Cluj Napoca. Acesta a stabilit în urma cercetărilor că “este cea mai veche descoperire a unei astfel de reptile din ţara noastră, însă, la vremea descoperirii ei, a fost confundată cu fosila unui mamifer, fiind lipsită astfel de gloria ştiinţifică binemeritată…”
Printre speciile de plante fosile din colecţie menţionăm: Alethopteris, Neuropteris, Odontopteris, Pecopteris, Sphenopteris, Sigillaria – arborescenta, Cordaites, un exemplar impresionant fiind fosila unei frunzei de palmier (Sabal major) din Cretacicul superior (70 milioane ani), descoperită în judeţul Alba, lângă Vinţul de Jos.
Colecţia de zoologie
(preparate umede şi uscate, animale împăiate) cuprinde animale din fauna actuală a globului, în expoziţie putând fi observate specii reprezentative pentru principalele grupe de animale, începând cu cele mai simple, nevertebratele (spongieri, celenterate, viermi, moluşte, artropode) şi continuând cu grupele de animale vertebrate (peşti, amfibieni, reptile, păsări şi mamifere). Se sugerează astfel succesiunea apariţiei în timp a grupurilor de animale, iar expunerea lor în ordine sistematică reprezintă un bun material didactic pentru desfăşurarea orelor de biologie.
Colecţia de zoologie este foarte bogată în specii şi exemplare de pe toate continentele, cu multe rarităţi, chiar endemisme. Pot fi observate astfel, bureţi de mare, meduze, corali, caracatiţe, sepii, stele de mare, castraveţi de mare, lamelibranhiatul Tridacna gigas, cu o cochilie uriaşă, racul din Moluc, un homar uriaş precum şi fenomene de simbioză (intre un pagur şi o actinie), mimetism – la fluturele Kallima inachis sau la lacuste din India. De o importanţă deosebită este colecţia de coleoptere şi lepidoptere din Noua Guinee, trimisă de aiudeanul Fenichel Samuel, fost elev al colegiului Bethlen Gabor, care a studiat zona într-o perioadă în care aceasta era puţin cunoscută lumii ştiinţifice.
Dintre speciile de animale vertebrate ale colecţiei de zoologie amintim: cega (sturion), torpila de mare, acul de mare, anghila, cameleonul, vipera, aligatorul; colecţiile de păsări şi mamifere sunt cele mai atractive şi conţin specii atât din ţară cât şi din alte zone ale globului, specii dispărute din România sau pe cale de dispariţie : păsări din Delta Dunării (pelican, lopătar, egreta), păsări răpitoare de zi şi de noapte, păsări adaptate la biotopul de baltă sau marin, păsări exotice (pasărea paradisului, pasărea Colibri, tucanul, papagalul uriaş Stringops, pasărea Kiwi – endemism neo-zeelandez si unica specie apteră din neamul păsărilor, la care i s-au atrofiat aripile datorită adaptării la viaţa tericolă). Dintre mamifere menţionăm: ornitorincul, cangurul, furnicarul, leneşul, tatuul, câinele zburător din Arhipelagul Malaez, iepurele polar, civeta, babuinul, etc
Câteva piese mai deosebite atrag în mod special atenţia vizitatorilor. Este vorba despre aşa numiţii ‘”monştrii”, respectiv animale şi fetuşi umani cu malformaţii: fetus uman cu anencefal sau cu spina bifida, purcel cu două capete, cu 6 picioare, pui de găină cu patru picioare. Aceste piese au fost aduse în colecţiile muzeului într-o perioadă în care ştiinţa geneticii mai avea foarte mult de aşteptat până să apară, primind astfel numele de ”monştrii”.
Muzeul deţine si o colecţie de plante inferioare şi superioare presate, din ţară sau străinătate, care constituie Ierbarul muzeului.
In perioada 2013-2016 la Muzeul de Stiintele Naturii din Aiud au fost intreprinse lucrari de restaurare a spatiului expozitional dar si a vitrinelor in care sunt expuse obiectele muzeale, ocazie cu care, pe langa reactualizarea etichetelor care insotesc piesele expuse, au fost adaugate imagini si texte informative cu scopul de a creste gradul de accesibilate a piselor din expozitia permanenta a muzeului.
Pe lângă expoziţia permanententă, în scopul atragerii unui număr cât mai mare de vizitatori şi pentru valorificarea cultural-educativă a colecţiilor muzeului, în cadrul instituţiei sunt organizate şi expoziţii tematice temporare. La aceste manifestări expoziţionale se adaugă şi expoziţii în colaborare cu alte instituţii similare, în cadrul unor parteneriate educaţionale cu şcoli şi instituţii culturale.
Din cele expuse mai sus rezultă faptul că prin intermediul colecţiilor vaste de mineralogie, petrografie, paleontologie, botanică şi zoologie, Muzeul de Ştiinţele Naturii din Aiud, antrenează publicul de toate vârstele în descoperirea şi cunoaşterea naturii, a mediului înconjurător şi a biodiversităţii regionale, naţionale şi internaţionale subliniind importanţa respectării şi ocrotirii naturii. În acest sens muzeul urmăreşte să fie o destinaţie educaţională şi recreativă pentru comunitatea locală dar şi de pretutindeni, deservind un public divers, de la copii, adulţi şi familii până la cercetători specializaţi.